При каждом запуске любого инструмента запускается первичная настройка программы.
Программа проверяет наличие в файле необходимых для работы параметров, и, в случае их отсутствия, создает их. Все параметры программы являются общими, для их создания в папку, указанную в настройках, копируется ФОП. При самом первом запуске, ФОП копируется во временную папку пользователя. Если это не получается сделать, предлагается указать папку вручную.
Так же, программа выбирает стадию, в которой должны находиться обрабатываемые объекты. По умолчанию, это последняя стадия в списке. Обязательно уточните в настройках программы, правильно ли выбрана стадия.
К сожалению, из-за ограничений Revit API ряд функций не будет работать с объектами, расположенными не на последней стадии.